A idéia da criação de uma empresa para a exploração das atividades de futebol da AFE nasceu em 2003, no gabinete do Prefeito Municipal de Araraquara, Edinho Silva, e foi pauta de várias reuniões entre o Sr. Prefeito e diversos simpatizantes e torcedores de futebol da Gloriosa AFE, que não queriam ver a extinção do clube de coração. Em 11 de novembro de 2003, realizou-se a Assembléia Geral de Constituição que declarou formalmente constituída a Ferroviária Futebol S/A, elegendo o Conselho de Administração da Empresa, que a seguir elegeu a primeira diretoria, com mandato até Abril de 2004. O contrato foi registrado na Junta Comercial do Estado em 03/12/2003.
O primeiro corpo administrativo da Ferroviária S/A ficou assim definido: Valdir Massucato (Diretor Presidente), Waldemar Paschoalino Júnior (Diretor Vice-presidente), Bruno José Ópice de Mattos (Diretor Administrativo/Financeiro) e Osmar Alberto Volpe (Diretor de Futebol).
No início da constituição da S/A, algumas parcerias foram fundamentais para o sucesso do clube-empresa. É importante destacar ações conjuntas entre S/A e empresas como Lupo, Unimed, Patrezão, Empresa Cruz, Usina Maringá, Uniara, Viação Paraty, entre outras que de forma direta ou indireta participaram do ressurgimento da querida Ferroviária de Araraquara.
